北顶娘娘庙早在明朝时已经建立，起初只是一座土地庙，后来明朝一名皇后为求子加以修缮，请来了五岳之首泰山上的“碧霞元君”，这位“碧霞元君”身份可不简单，传说她是东岳大帝的女儿，这“东岳大帝”又是谁呢，原来是掌管阴阳两界的一位民俗神，如此高贵的身份，碧霞元君又是其女儿，可见，她的地位又道高一尺，前来拜访的人真的是踏破了门槛，因此这座庙也才能维持400多年的历史至今绵延不绝。
为何有这个名词加在娘娘庙的头上，大家都知道，钉子户的坚韧不屈，给一个不会说话的娘娘庙头上怕有点欺人太甚，不不不，我们来看娘娘庙所处的位置有多尴尬。北京申奥成功后，2004年计划修建奥运设施场地和场馆，不巧不妙刚好在北中轴线一带，现今我们知道的“水立方”就规划在娘娘庙这个位置。于是，事情来了，在拆迁的第一天，突然刮起了龙卷风，而且当场让其中的40多名工作人员受伤，两名当场身亡，而且所有拆迁设备被损坏，唯有娘娘庙完好无损。
更难以置信的是，救护车十分钟后到场将两名人员送到医院，一小时后奇迹复活，但这并不符合西医理论，倘若人死后十秒，脑细胞凋亡，再过几分钟后，生命接近尾声。再来说第二天，娘娘庙里惊现大白蛇，施工立刻停止，派“民间阴阳”查看风水，最后发现庙前埋着明朝留下的青铜器物，最后又埋于坑内，民神称此乃镇物，该庙不能拆。
并且也请了气象学相关专家解释龙卷风发生的原因，专家称这是“尘卷风”，因为空气对流造成的，但这个解释似乎不能满足人们的疑惑心情，为什么偏偏这个时候发生，这尘卷风在北京城内可是几十年不见的东西啊！停工后，在撤离过程中，有人说，经常可以看见晚上娘娘庙里都是灯火辉煌，但没有人敢靠近去探测事情真伪。此后，水立方和鸟巢只能建在娘娘庙周围。而且自此次事件的发生，娘娘庙的旅游参观烧香拜佛的人更多了，奥运期间许多外国游客也闻名而来供拜。
北顶娘娘庙一事，引起了很多争议，世上到底有无神鬼存在，是我们的科学进步不够发达还是我们的理解认识能力有限不能解释清楚这些超自然现象，还是真的有鬼神存在，我们不得而知，我们当敬畏自然，而不是征服自然，同自然发展的顺序共同进步，保护并且发扬古人留给我们珍贵的遗产。