明末三大疑案分别是梃击案、红丸案、移宫案，这三件案件本身并不重要，重要的是这三件案件代表了明朝末期宫廷的纷乱，党派之间的较量和明朝国家的衰亡。
明末三大疑案-梃击案：
是发生在万历年间，有一疯子手持木棒闯进太子府，对着太子乱打，后被人制住，审问后疯子清醒了，招供出指使自己的人是皇上宠爱的郑贵妃所为，原因是郑贵妃的儿子并没有当上太子，便想杀了太子，立位自己的儿子，可明眼人都看出郑贵妃不会这么傻，找一个宫外的疯子用木棒去杀太子，可人证无证具在。皇帝重新贵妃却也无能为力，贵妃只得苦苦哀求太子，太子也请求皇帝快速结案，后除疯子被处决后，其他一些要求被彻查的官员被处分，此事便不了了之。有人说是贵妃铤而走险刺杀太子，也有人说是太子用苦肉计来稳固地位，从这里就能看出当时宫廷斗争的激烈。
明末三大疑案-红丸案：
发生在万历皇帝刚刚病死，太子朱常洛即位，改年号为泰昌，即位仅十天，泰昌皇帝就大病腹泻不止，原来是前朝郑贵妃派人在泰昌皇帝的日常药物加了泻药，原本纵情声色的泰昌皇帝身体就不好，腹泻之后更是致病情家具，过了十几天，一位大臣献上一颗红丸，称此药是仙丹妙药，可药到病除，皇帝服下后果然身体舒服了许多，黄昏时皇上又服下了一颗红丸，可到了半夜就驾崩了，这时他刚继承皇位一个月。大臣纷纷议论皇帝的死和红丸有没有关系，有的大臣说进献红丸无罪，因红丸的效果确实缓解了皇上的病情，可皇上确实身体本就不好，死亡和红丸没有关系，有的大臣则说就是红丸害死了皇上，最后争论了八年这件事也没有结果，只有进献红丸的大臣被贬放而已。红丸案最后悬而未果，但新皇刚登记一个月就驾崩了，其中的政治阴谋不言而喻。
明末三大疑案-移宫案：
是在泰昌皇帝驾崩后发生的，泰昌皇帝生前宠爱一个妃子叫李选侍，李选侍在泰昌皇帝驾崩后一心想做皇太后，控制朝政，可新皇朱由校并不是他的亲儿子，她便把持着朱由校住在了只有皇后能住的乾清宫里，后来大臣们强行让皇帝下旨，使李选侍搬离了乾清宫。李选侍想要做黄泰宏控制朝政的愿望落了空，而她本人势单力薄，又是谁在背后指使此事？不过幸好她没有成为皇太后，要不然明朝可能就会先出一个“慈禧太后”了。
这三大疑案虽最后看似都有合理的解释，但是最高统治者内部互相争斗，不死不休。由此可见明朝已经腐败到了顶端，灭亡也只是时间问题。