六、明建文帝存亡之谜
明太祖朱元璋身后,燕王朱棣于建文元年以“清君侧之恶”的名义举兵反抗朝廷，至建文四年朱棣由燕王荣登皇位而完毕，历时4年。 就在朱棣攻入南京时，皇宫已是一片大火，建文帝不知所终。尔后，有关惠帝现已出逃的风闻颇多，明成祖对此老是不放心，这件事也几乎变成他的一块心病。数百年来，建文帝的下落也是一桩争讼不决的前史悬案。归纳各家说法，主要有“焚死”说和“流亡”说两种。
一种说法认为建文帝是自焚而死的。据永乐年间修撰的《明太祖实录》中记载，燕王朱棣发起“靖难之役”，通过四年的交战，燕王取得全胜，建文四年（公元1402年）6月13日，燕王统领大军开进南京金川门。当燕王戎行进入皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也没了踪影。与此同时，建文帝所运用的宝玺也毫无踪影。正史记载建文帝死于宫中的大火中。《太宗实录》卷九记载：“上（即明成祖朱棣）望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及。中使出其尸于火中，还白上，上哭曰：‘公然，假如痴耶!吾来为扶翼不为善，不料不谅而遽至此乎!’……壬申，备礼葬建文君，遣官致祭，辍朝三日。”
仁宗朱高炽御制长陵后碑也说，建文帝殁后，成祖备以皇帝礼仪殓葬。成祖后来在给朝鲜国王的诏书中说：没想到建文帝在奸臣的威逼下放火自杀。可是，太监在火后余烬中屡次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，建文帝是活是亡无从得知。燕王为让全国知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其坟墓在什么地方，无人可知。明末崇祯帝就曾说过：想给建文帝上坟，却不知在何处。另一种说法是在南京攻破之时，建文帝曾想自杀，但在其心腹说服下，削发为僧，从地道逃出了皇宫，隐姓埋名，浪迹江湖。明成祖身后，他又回到京城，身后葬于京郊西山。
朱棣登位后，感到存亡未卜的建文帝对他有一种无形的压力，因而屡次派心腹大臣处处拜访。永乐年间郑和下西洋的伴随官员中，有不少锦衣卫兵，这显然便是用于私自察访建文帝的。明成祖曾向全国寺院公布《僧道度牒疏》，将一切和尚名册重新整理，对和尚进行了一次全方位的查询。从永乐五年起，还派人以寻访仙人张邋遢为名处处查找，触及大江南北，前后共20余年。
民间传言中，在很多地方都有建文帝的踪影与传说。有的说建文帝先逃到云贵地区，后来又曲折到了南洋一带，直到现在，云南大理仍有人以惠帝为鼻祖。也有现代专家认为，当年建文帝逃跑后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，接着藏匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年在此病亡，埋于庵后小山坡上。至于建文帝的下落究竟怎么，以上两种说法都无法给出令人满意的答案。
七、李自成的存亡之谜
李自成，陕西米脂人。他家境贫寒，但有勇有谋，大仁大义。他当过驿卒，当过边兵，终究加入了反明的农人起义军，身经百战，不断强大，几十万大军所向无敌，终于推翻了政治腐败、经济溃散、岌岌可危的明王朝。但因镇守山海关的明将吴三桂勾引清军入关，李自成领兵退出北京，转战河南、陕西、湖北等地，终究不知所终。有人说李自成在九宫山罹难。《明史》的结论是，自成已死，尸朽莫辨。它的根据是，其时追击李自成的清朝靖远大将军阿济格给朝廷的陈述说，李自成兵尽力尽，仅带心腹20人，窜入九宫山中，被乡民围困，无法逃脱，自缢而死。他派人前去验尸，而尸体现已腐烂，无法辨认了。还有一个根据是，南明王朝驻湘将领兵部尚书何腾蛟给唐王的陈述称，他的部众已将李自成斩于九宫山下，仅仅丢了首级。可是，这个“罹难”说却难以令人信任。由于李自成雄才大略，勇猛非常，一直是官府的死敌。
无疑，他是清王朝或南明王朝统治者心目中的大患，他的存亡肯定是其时的重大事情。而阿济格陈述中说是“尸朽莫辨”，纯属虚浮不实，清王朝怎能信任？何腾蛟的陈述几乎便是马后一炮，谎报战功，南明王朝也不会信任的。格外值得一提的是，李自成退居湖湘时，他的手下还有40余万戎马，驻九宫山一带最少也有数万人，说他仅带20名心腹与现实显着不符。况且，假如李自成真的被杀，他的几十万大军岂能善罢甘休？九宫山能安静吗？可是，现实上，其时九宫山很安静，那几十万大军也很安静。
那么，为何有“罹难”说，并且在民间广泛撒播？据推测，这是李自成与其部下放的烟幕弹，一个缓兵之计。一方面，扬言李自成已死，能够消除南明王朝对这支大军的歹意，下一步也许联合抗清；另一方面，使清王朝认为，心腹之患已除，放松警惕，一旦时机成熟，李自成可东山再起。 也有人说李自成在夹山寺隐居。 据说，清朝初年，行将上任的云南同知张琼伯在到差途中，游访石门夹山寺，与寺中方丈谈古论今，较为投缘，相见恨晚，视为知己。几年后，他又重访夹山寺，方丈已死。
悼念当中，方丈的学徒告诉他：那方丈便是威震全国的闯王李自成。在九宫山替死的是他的部将孙某。乾隆初年，澧州知州何某亲赴夹山寺查询李自成的下落，在寺中他亲眼见过一幅李自成的画像，据称，叫“奉天玉和尚”。1981年，在石门夹山寺发现了奉天玉大和尚墓。据考查，在一个瓷坛中盛的遗骨，与李自成身段附近。墓中陪葬物与李自成家园陕西米脂县的风俗一样。但这一说法仍有不同定见。
有人说，奉天玉大和尚墓等的发现，只能阐明石门夹山寺的确有奉天玉大和尚这自己，并不能证实奉天玉大和尚便是李自成。又有人说，李自成生前左眼曾受箭伤失明，但李自成画像却双目炯炯有神，以此证实，奉天玉不是李自成。因而，李自成隐居于夹山寺一说，也成不了结论。李自成的存亡之谜至今仍变成史学家讨论不休的事。