《永乐大典》的下落之谜：
一、随葬说
1957年，在劳动改造思想的时候就关注《永乐大典》正本失踪之谜的钱钟书就为栾贵明提出《永乐大典》正本失踪之谜的研究课题，栾贵明一做就是30年，其研究成果披露于世的就是被随葬说。就在1986年，中华书局编审张忱石著《永乐大典史话》中也表示这一说法。在明成祖时，编纂好《永乐大典》，之后，明代的帝王中只有孝宗和世宗这两位很喜欢读书的皇帝常常阅读《永乐大典》。如孝宗曾把《永乐大典》中的医药秘方抄赐给太医院，世宗则更是喜爱《永乐大典》，在他的案头上常备着几册《永乐大典》，他按韵索览。而在明代，有这样的习俗，就是把死者生前所喜爱的书籍随葬。那么，这部《永乐大典》正本随葬于世宗永陵的可能性就很大了。
现在所见到的永陵，其规模明显比明代其他的皇陵要大，是可以随葬《永乐大典》正本的。有一个值得费解的是，世宗嘉靖帝下葬后，隆庆帝不断褒奖了编撰儒臣，而关于这部皇皇巨著，公私书目和正史野史阙载，那么正本成了陪葬品的疑点很显得突出了。据《明实录》记载，从三月二十二日嘉靖帝下葬二十余日起，隆庆帝在不到两个月的时间里竟然连续褒奖《永乐大典》的编撰儒臣，四月十日嘉奖徐阶等十数名儒臣“同知经筵席”，四月十五日，又以“重录《永乐大典》成”为由，再行褒奖。而《明实录》对《永乐大典》正本藏处只字不提。不过，被随葬这一说法的证实与证伪只有借助于考古发掘了。
二、焚毁说
至于被烧毁的时间，就存在两种看法，一种认为，发生在明亡之际，李自成领导农民起义，肆意烧毁，《永乐大典》正本可能就毁于一旦。至明末清初，皇宫内外就有人疑窦丛生了。如明末宦官刘若愚在《酌中志》里提出：“旧《永乐大典》二部，今又见贮于何处也？”明末清初的著名学者顾炎武在《日知录》里表示《永乐大典》正本“全部亡佚”。郭沫若也持此说法，他在《重印永乐大典序》中说：“从此正本与副本分藏于文渊阁与皇史宬。明亡之际，文渊阁被焚，正本可能毁于此时。”
另一种认为，清代初年《永乐大典》正本改贮乾清宫，嘉庆二年(1797)乾清宫发生过一场大火，《永乐大典》正本未能幸免于难。不过，就在乾隆年间，《永乐大典》正本的存在与否就值得怀疑。乾隆初编制的《天禄琳琅书目》里就没收《永乐大典》正本，而编制时是将宫中的善本集中于乾清宫旁的昭仁殿的。乾隆帝就曾赋诗表示过对不见《永乐大典》正本的无奈：“《大典》犹看永乐传，搜罗颇见费心坚。简及释道欠精覆，久阅沧桑惜弗全。”
三、夹墙说
明代的皇史宬是皇家档案库，专门存放《实录》、《圣训》、《玉牒》类，重录本藏于皇史宬。有人认为，《永乐大典》正本即藏在皇史宬的夹墙内，以备不测。皇史宬全砖石结构，抵防水火性能极强，而皇史宬大殿墙壁构造与其他建筑很不一般，它的东西墙厚度达3.5米，南北墙厚度达6.1米，这一奇特之处用意何在呢？将《永乐大典》正本秘藏在皇史宬的夹墙内，是有可能的。