第二次被捕：

山田悦子被释放回到家中，看到同事保管好的写给她的信件，里面写着“杀人犯，去死”、“我要杀掉像你这样的女人”、“不要以为释放了，就装出一副平静的嘴脸”等中伤言辞。三个月之后，山田与学园员工一起，以“侵害人权”为由，起诉国家及兵库县。要求在全国3大报社刊登谢罪声明，支付600万日元的赔偿金。

不久，两名被害园生的家属则起诉甲山福祉中心，以管理不善导致死亡，带来精神伤害为由，要求3367万日元的安慰金。在裁判中，甲山学园则以“（智障）孩子死了，家长不用再操心，所以要求赔偿是不对的”为托词，拒绝支付。结果导致支持智障的人权团体静坐示威，学园最后被判支付1133万日元。11月22日，法院开庭审理山田等对国家的诉讼。一年后，神户地方检察院尼崎支部以起诉条件不充分为由，宣布对山田不起诉。

1975年10月，死者藤原悟家属向检察审查会提出不服申请。日本的检察审查会，是一个判断不起诉是否合理的独立机构。从选举人名单中随机抽选11名作为审查员，不进行公开审查，只公布审查结果。时间又过去小一年。1976年初，在山田起诉国家裁判的第九回口头辩论中，甲山学园园长荒木洁、职员多田证实，在两名园生死亡时间段里，山田与他们在一起谈话。而另一方面，日本检察审查会应死者家属要求，达成“对山田不起诉为不合适”的判断，提出应对山田进行再次审查的要求。

因此，神户地方检察院又开始对山田进行再调查。这次调查延续了一年多的时间。1978年2月，由于得到其他5名园生“看到山田从寮里带走死去的两人”的证言，神户地方检察院再次逮捕了山田，并以“伪证罪”逮捕了为山田作证的园长荒木洁及职员多田。逮捕期间，山田悦子一直保持着沉默。

迟到的智障生证词：

山田悦子第二次被逮捕时，正值日本作家清水一行以此案为原型的小说《搜查一科长》发行。他从搜查方着眼，力证山田等人有罪。虽然山田及她的支援团体一再抗议，但该小说最终还是出版发行。一个月后，神户地方检察院以杀人罪起诉山田。之后神户地方法院第一次公开审理了山田杀人案。

日月交替，时光匆匆来到了1980年。由于日元上涨，日本迎来地产、股票等大幅增值的泡沫经济时代。日本资金开始席卷全球，四周收购资产。这一年，甲山学园某女子园生说，我们几个人在净水槽旁边玩，一起用力，把铁盖子移到了一边，我拉了光子一下，她掉落到水槽里。我们又把盖子盖住了。当时山田老师并不在场。为此，神户地方法院仅非公开审理甲山学园园生的证言，就达20多次。

而在公开的审理中，关于保育员山田悦子“坦白书”的强迫性、智障儿证言的信用度两点，成为争论的焦点。1981年7月，甲山学园废校。1985年4月，神户地方检察院对山田悦子提出求刑13年。