长崎事件的结果：

1885年11月24日，驻日公使徐承祖致电李鸿章，要求断交撤使。此时中法战争刚结束不久，清廷不愿再度卷入战争漩涡，故未批准此议。1887年2月，中日双方签订协议，对各自的死伤者互给抚恤，日本赔付中国52500元，中国赔付日本15500元，长崎医院的医疗救护费2700元由日方支付。在日本人看来，外国水兵喝醉了酒来本国滋事，最后竟然要本国赔款，是可忍孰不可忍。“中国威胁论”成了日本主流民意，“大力发展海军”也成了日本国内的共识，“一定要打败定远”，更作为日本海军的目标和口号。就连日本小孩最流行的游戏，也是分成两组，一组扮成中国舰队，另一组扮成日本舰队，游戏主旨就是围攻定远、镇远。

与1886年以前处理外交事件不同的是，清廷表现出了相当强硬的态度。北洋水师总教习琅威理甚至提出了对日断交、武力解决的主张。李鸿章的外交顾问伍廷芳被认为在此事的圆满解决上起了关键作用。1887年2月，双方达成彼此让步的协议，双方一致认定是语言不通导致了误会的发生，所以肇事者交由本国政府自行处置，而死伤人员则由对方予以抚恤。值得一提的是，日方所支付的抚恤金数额大大超出了清廷。换句话说等于向中国进行赔款。但也有人认为，1886年清国军舰的实力具有压倒性优势，如在长崎事件中采用琅威理的建议，一挫实力尚在清国之下的日本舰队，则此事后中日海军强弱，必大不相同。

长崎事件的影响：

清朝：

1889年6月29日，清海军舰队8艘军舰访问朝鲜，停泊在仁川港。朝鲜人瞬间被眼前的巨大战舰给震慑住了，从此也打消了朝鲜意欲独立的念头。7月6日，舰队从仁川港出航，经釜山、元山、俄国的海参崴之后返回本国。此行不仅成功宣扬了清国作为宗主国的强大，也对俄国人起到了一定的警示作用。1891年6月，清国舰队接受邀请再次访日。7月6日，北洋海军提督丁汝昌受到了明治天皇的召见。作为对等礼仪，丁汝昌在定远舰上举行了盛大的招待会。日本的众议院议员、贵族两百多人受邀登舰参加了宴会。此时的定远舰与日本主力战舰高千穗、扶桑比起来，无论是从舰体、铁甲还是到大炮，日舰都无法能与之相比。这样的差距，让众多日本人感到，自己身处在清国的威胁包围之中。参观后的日本政治大员们一致认为，必须增添数艘巨大坚牢的军舰，否则一旦在清日之间出现战事，日本舰队将无法与清国舰队相抗衡。

日本：

在共同的情感驱使下，日本政府、军人、知识分子、庶民等各个阶层，一致要求国家加速扩建日本海军，并支持政府倾全国的财力打造一支超过北洋海军的日本海军。到1884年，日本海军原本已经着手的海军建设十年计划，由于北洋舰队的第一次来访后被要求必须提前实现。第一个十年建设计划后，日本舰队的规模已经达到42艘战舰，其中新增的战舰数量为32艘，包括大型战舰6艘、中型战舰12艘、小型战舰12艘。北洋舰队第二次访日，使得日本海军进一步加速了其扩张的速度，其中就包括建造了装备32厘米口径巨炮的三景战舰松岛、桥立、严岛，进口英国建造的世界上最快速最新的战舰“吉野”号。